Однако при работе над «Марьей-искусницей» режиссеру пришлось довольствоваться павильонами Киностудии имени Горького. За их пределами было отснято всего несколько эпизодов, преимущественно морских. В качестве локации выбрали Ялту. В рамках подготовки к съемкам здесь были выстроены сложные декорации и выкрашены скалы в коричневый и синий цвета.
Пока шла работа над декорациями, исполнитель роли Иванушки отдыхал под жарким южным солнцем. Как следствие, к моменту начала съемок мальчик сгорел. Отменять кинопроизводство из-за солнечных ожогов не стали.
Юному актеру пришлось играть, скрывая слезы и боль.