И хотя во второй части франшизы, «Мадагаскар-2: Побег в Африку», содержится крошечный пролог, в котором показана история льва Алекса, главного героя всей серии, в целом все фильмы серии можно смотреть в порядке выхода, не боясь потеряться в течении сюжета. Тем не менее франшиза состоит не только из приключений великолепной четверки главных героев. Между действием первой и второй части находит место сюжет получасового фильма «Рождественский Мадагаскар», в котором появляется сам Санта-Клаус.
Другой короткометражный фильм, «Страстный Мадагаскар», рассказывает о том, как герои выясняют свои чувства в Африке, между второй и третьей частями. Еще до начала основной серии происходит действие короткометражки «Пингвины из Мадагаскара в операции «С Новым годом».
Наконец, важнейшими частями франшизы являются два мультсериала. Один из них, «Пингвины Мадагаскара», который начинается с сюжета одноименного фильма, рассказывает о приключениях пингвинов и короля Джулиана в Нью-Йоркском зоопарке уже после событий оригинальной трилогии. А другой, «Да здравствует король Джулиан», повествует о жизни острова Мадагаскар и его жителей до прибытия главных героев на этот остров.